นาวาอากาศเอก อนุดิษฐ์ นาครทรรพ หรือ "ผู้การป๊อบ" เกิดเมื่อวันที่ 7 เมษายน พ.ศ. 2508 (ป๊อป) เป็นบุตรชายคนที่ 2 จากลูกชายทั้งหมด 6 คน ของ นาวาอากาศตรี ฐิติ นาครทรรพ (อดีตเลขาธิการพรรคสามัคคีธรรม) และ นางสุมาลี นาครทรรพ (นามสกุลเดิม: นานา เป็นน้องสาวของนายเล็ก นานา) สมรสกับนางอรวรรณ นาครทรรพ มีบุตร-ธิดาทั้งหมด 6 คน

น.อ.อนุดิษฐ์ นาครทรรพ สำเร็จการศึกษา ระดับมัธยมต้น จากโรงเรียนสาธิตแห่งมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ รุ่นที่ 7, ระดับมัธยมปลาย จากโรงเรียนเตรียมทหาร รุ่นที่ 23, ได้รับปริญญาวิทยาศาสตรบัณฑิต (วิศวกรรมอากาศยาน) จากโรงเรียนนายเรืออากาศ และได้รับปริญญา รัฐประศาสนศาสตรมหาบัณฑิต หลักสูตรสำหรับนักบริหาร รุ่นที่ 12 จากมหาวิทยาลัยศรีปทุม นอกจากนี้ ยังสำเร็จการศึกษา ในหลักสูตรทางการทหารคือ โรงเรียนการบิน รุ่นที่ 82-30-2, โรงเรียนนายทหารชั้นผู้บังคับฝูง รุ่นที่ 76, หลักสูตรการฝึกบินทางอากาศยุทธวิธี รุ่นที่ 5, หลักสูตรนายทหารยุทธการระดับฝูงบิน รุ่นที่ 39, โรงเรียนเสนาธิการทหารอากาศ รุ่นที่ 40 และหลักสูตรการสงครามทางอากาศ รุ่นที่ 4

และในขณะที่ยังรับราชการอยู่ในกองทัพอากาศ น.อ.อนุดิษฐ์ นาครทรรพ ยังได้รับการเชิดชูให้ได้รับรางวัลเกียรติยศต่างๆ ในหลายโอกาส ดังนี้
1.โล่เชิดชูเกียรติ ศิษย์การบินดีเด่น และ อันดับที่ 1 ภาควิชาการ ของโรงเรียนการบินกองทัพอากาศ
2.โล่เชิดชูเกียรติ การศึกษาดีเด่นอันดับ 1 “เชิดวุฒากาศ” ในรุ่นที่ 40 ของโรงเรียนเสนาธิการทหารอากาศ
3.เกียรติบัตรผู้บำเพ็ญประโยชน์ดีเด่น และ เกียรติบัตรการศึกษาดีเยี่ยม ในรุ่นที่ 76 ของโรงเรียนนายทหารชั้นผู้บังคับฝูง
4.รางวัลศิษย์เก่าดีเด่น สาขาบริหารราชการและการปกครอง “อุบล เรียงสุวรรณ” ของโรงเรียนสาธิตแห่งมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ประจำปี พ.ศ. 2548

นอกจากนี้ น.อ.อนุดิษฐ์ นาครทรรพ ยังได้รับเลือกให้มีตำแหน่งทางสังคม อันได้แก่ การได้รับเลือกให้เป็นอุปนายกสมาคมนักเรียนเก่าโรงเรียนสาธิตแห่งมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ระหว่าง พ.ศ. 2545-2547 และการได้รับเลือกให้เป็นประธานมูลนิธิรวมน้ำใจคลองเตย ในปี พ.ศ. 2548 อีกด้วย